Mac10.7 Lionを使用しています。
Dockの右側は、ファイルやフォルダの領域があります。
既定では、ゴミ箱と[書類][ダウンロード][アプリケーション]が並んでいます。
Dockのアイコンは、Dock外へドラッグするだけで、白い煙をあげて消えてしまいます。
ですから、自分では気づかないうちに、ドラッグで消してしまったということは多々あるようです。
この[アプリケーション]フォルダがいつの間にか消えてしまったという場合の戻し方です。
デスクトップ上のハードディスクをダブルクリックして開きます。
この中の[アプリケーション]をDockの右側（フォルダ領域）へドラッグします。
このままだと以前のアイコンとは違う表示ですね。
[アプリケーション]のアイコンを右クリック(あるいは、controlキーを押したままクリック)して、[表示形式]の[フォルダ]を選択します。
そうすると、既定のアイコンの表示になります。
スタックの設定については、スタックをご参照ください。
また、デスクトップにハードディスクのアイコンが見当たらないという方は、
[Finder]の[環境設定]をクリックして、
[一般]にある[ハードディスク]のチェックボックスをオンにすると、表示されるようになります。
Dockの[書類]フォルダが消えた場合は、Finderで[ホーム]（家のアイコン）を開くと、
[書類]フォルダがありますので、同じようにDockへドラッグしてください。